健康科普:宏基因組測(cè)序技術(shù)--用對(duì)才能用好
作者:張佳星
發(fā)布時(shí)間:2021-06-04
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  “回想2003年沒有mNGS技術(shù)的時(shí)候,我們認(rèn)識(shí)SARS冠狀病毒需要5—6個(gè)月,而現(xiàn)在認(rèn)知新冠病毒,國內(nèi)科學(xué)家只用了很短時(shí)間?!?月8日,復(fù)旦大學(xué)附屬華山醫(yī)院感染科主任張文宏教授在第三屆感染性疾病精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)高峰論壇上表示,認(rèn)知新發(fā)病原體,新技術(shù)起到了重要的作用。

  “在國家傳染病防治重大科技專項(xiàng)支持的平臺(tái)基礎(chǔ)上,基于二代測(cè)序的mNGS技術(shù),中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院團(tuán)隊(duì)用了約50個(gè)小時(shí)就從不明原因肺炎樣本中獲得了新冠病毒全基因組序列,與其他兄弟單位共同確認(rèn)新冠病毒是導(dǎo)致疫情的病原?!敝袊t(yī)學(xué)科學(xué)院北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院副院校長王健偉教授表示,新技術(shù)找到了新冠病毒,新冠疫情也促進(jìn)了新技術(shù)的應(yīng)用發(fā)展,未來應(yīng)推進(jìn)新技術(shù)在精準(zhǔn)診斷、遏制耐藥、防控新發(fā)病原等方面持續(xù)發(fā)力。

  mNGS究竟是啥?

  如何讓識(shí)別新發(fā)病原體的速度好比坐上了飛機(jī)?

  普通人用上它了嗎?

  它讓感染治療從“炮轟”到“狙擊”

  “在沒有新技術(shù)之前,如果遇到嚴(yán)重的感染中毒癥,往往是各種抗感染的藥物一起上。”張文宏說,因?yàn)閭鹘y(tǒng)技術(shù)時(shí)常給不出明確的感染病原信息。

  “炮轟”式的操作難有針對(duì)性,難以有效壓住感染,反而容易導(dǎo)致細(xì)菌的耐藥性。

  “炮轟”不行,能不能“狙擊”?

  2014年6月,《新英格蘭雜志》上的論文記載了一場(chǎng)成功的“狙擊”——

  一例不明原因的腦膜炎,用盡各種治療手段未果,但在使用mNGS后,明確了病原體為致病性鉤端螺旋體,改用幾毛錢成本的青霉素治療,患者獲救。

  這一戰(zhàn)名聲大噪。mNGS就是宏基因組測(cè)序技術(shù),通過全面分析患者樣本中微生物和遺傳物質(zhì)(包括DNA和RNA),識(shí)別“壞分子”,實(shí)現(xiàn)感染性疾病的精準(zhǔn)治療。

  “它無需事先了解預(yù)期的病原體,能夠同時(shí)檢測(cè)大量的微生物?!睆埼暮昕偨Y(jié),mNGS擁有辨新、海量篩查病原體等多項(xiàng)優(yōu)勢(shì)。

  它的正確解讀仍需“立規(guī)矩”

  “這個(gè)方法很靈敏,就更需要警惕會(huì)不會(huì)搞錯(cuò)?!蓖踅ブ赋?,因?yàn)榉椒ㄗ銐蜢`敏,很細(xì)小的過程偏差也會(huì)反映到輸出的結(jié)果上,例如環(huán)境污染、生物信息分析偏差甚至軟件算法等造成的差異,也會(huì)導(dǎo)致對(duì)單個(gè)堿基的解讀完全不同。

  如何正確解讀宏基因組測(cè)序所給出的證據(jù),以指導(dǎo)臨床實(shí)踐,成為實(shí)現(xiàn)感染性疾病精準(zhǔn)診斷的重點(diǎn)之一。

  “解讀包括mNGS的臨床規(guī)范、報(bào)告的理解等多個(gè)階段的問題?!眹倚l(wèi)生健康委全國真菌病監(jiān)測(cè)網(wǎng)國家中心主任、中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院北京協(xié)和醫(yī)院檢驗(yàn)科主任徐英春表示,規(guī)范的建立是為了把mNGS技術(shù)在臨床上用好。

  據(jù)介紹,國家衛(wèi)生健康委臨床檢驗(yàn)中心今年開展了首次mNGS技術(shù)室間質(zhì)評(píng),全國包括第三方實(shí)驗(yàn)室在內(nèi)的約90家實(shí)驗(yàn)室參與,在面對(duì)復(fù)雜的鑒別考卷時(shí),只有5家實(shí)驗(yàn)室獲得滿分。

  “從臨床規(guī)范來講,mNGS行業(yè)仍需要通過相關(guān)部門的引導(dǎo)來推進(jìn)標(biāo)準(zhǔn)化和質(zhì)量可控性,這一點(diǎn)對(duì)于臨床非常重要?!痹谑议g質(zhì)評(píng)中獲得滿分的微遠(yuǎn)基因的創(chuàng)始人、首席執(zhí)行官李永軍表示,后續(xù)將通過技術(shù)創(chuàng)新實(shí)現(xiàn)醫(yī)院實(shí)驗(yàn)室內(nèi)mNGS設(shè)備的自動(dòng)化,以增加檢測(cè)效能,并滿足標(biāo)準(zhǔn)化等要求。

  它現(xiàn)在普及了嗎?

  10年前,一個(gè)宏基因組檢測(cè)的成本約為十幾萬元左右,而今已經(jīng)下降到數(shù)千元級(jí)別。隨著成本大幅下降,宏基因組測(cè)序已逐步應(yīng)用于重癥患者的病原學(xué)診斷中。

  “目前,絕大多數(shù)醫(yī)院未建立自有平臺(tái),而是借助第三方服務(wù)。從臨床需求來看,醫(yī)院自建實(shí)驗(yàn)室和第三方提供檢測(cè)服務(wù)都在發(fā)展?!敝腥A醫(yī)學(xué)會(huì)重癥分會(huì)副主任委員、中國醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院重癥醫(yī)學(xué)科馬曉春主任表示,從目前mNGS技術(shù)使用反饋結(jié)果來看,整體的質(zhì)量把控和臨床效果有利于患者診療。

  如何能讓新技術(shù)為老百姓服務(wù)好、服務(wù)對(duì)?

  馬曉春提醒,現(xiàn)在這一行業(yè)發(fā)展仍處于發(fā)展初期,提供服務(wù)的企業(yè)較多,應(yīng)加緊制定系統(tǒng)化、規(guī)范化的標(biāo)準(zhǔn),以利于市場(chǎng)整體的發(fā)展成熟和臨床診療的正確實(shí)施。此外,該技術(shù)目前并未納入醫(yī)保,在后續(xù)技術(shù)、體系成熟的基礎(chǔ)上,通過規(guī)劃將其納入整體醫(yī)療體系當(dāng)中,才能使它更好地服務(wù)于人民生命健康。

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